El 3 de Septiembre de 1955, consagrada ya la nueva catedral, el Obispo de la Diócesis de Ambato Mons. Bernardino Echeverría, suscribiría el siguiente decreto:
Que la Bula de erección de la Diócesis de Ambato ordena formalmente que se instituya cuanto antes el Seminario Menor de la Diócesis, para incremento de las vocaciones sacerdotales. Que en la última Conferencia Episcopal de Latinoamérica, celebrada en Río de Janeiro, por disposición del Santo Padre, por insinuación del Legado Pontificio para la Conferencia, Excelentísimo Cardenal A. Piazza y por la consideración de los alarmantes problemas que se presentan a la evangelización de América por la escasez de Sacerdotes se resolvió incrementar la Obra de las Vocaciones, con la erección de nuevos Seminarios que debiéndose celebrar en Diciembre la Coronación Pontificia de la Patrona de la Diócesis Nuestra Señora de la Elevación, la erección del Seminario Menor Diocesano puede ser un número muy importante del programa de festejos y con ellos se puede contar con una especial protección de la misma Patrona de la Diócesis; decretamos:
1.- Fundar y erigir el Seminario Menor Diocesano, en el mismo lugar, donde por mucho tiempo y con excelentes resultados funcionó el Seminario Diocesano llamado comúnmente el Seminario de Atocha. 2.- Colocamos el nuevo Seminario bajo la protección de la Santísima Virgen de la Elevación, Patrona de la Diócesis; bajo la protección del Patriarca San José, Patrono de la Iglesia Universal; y bajo el Patronato de San Pío X, Santo Pontífice que acaba de ser canonizado y que se caracterizó durante su santa vida, especialmente en la obra de las Vocaciones Sacerdotales…El decreto estaba fechado el 8 de septiembre de 1955. Inmediatamente se iniciarían los trámites en el Ministerio de Educación y con un fuerte apoyo del entonces presidente del Ecuador, Dr. José María Velasco Ibarra, en su cuarta presidencia. El 27 de septiembre de 1955 con el Acuerdo Ministerial Nº 459, firmada por Alejandro Jaramillo Subsecretario de Ecuación, se autoriza el funcionamiento del Primer Curso de Bachillerato en Humanidades Modernas; así años tras año, se irían creando los subsiguientes cursos hasta que en 1960, septiembre 3, mediante la Circular Nº 25618, Resolución Nº 1347 firmada por el Dr. Hugo Muñoz García en calidad de Subsecretario en que se autoriza el funcionamiento de Sexto Curso de Bachillerato en Humanidades Modernas; sin embargo, a pesar de contar con dicha autorización no sería sino en el año lectivo 1973-1974 en que se incorporan en nuestra institución la Primera Promoción de Bachilleres. Para octubre de 1955 las puertas del Colegio-Seminario se habrían con 21 alumnos bajo la dirección del Padre Alonso Pérez, primer Rector del Seminario y siendo secretario del mismo Mons. Luis Bernardo Pozo, quien en el año de 1956 asumiría las funciones del rectorado hasta el año de 1963. El Seminario contó además con el apoyo de las Madres Franciscanas de las Llagas. El 15 de Agosto de 1955 se dio comienzo a los trabajos de reparación y acondicionamiento del edificio destruido por el terremoto; las reparaciones estuvieron bajo la responsabilidad del Ingeniero Alfonso Mora, quien también construyó el primer tramo del nuevo seminario que contó con el apoyo económico de Monseñor Cushing; este tramo se terminaría de construir en 1958. La inauguración del nuevo Seminario se le haría con la presencia del Arzobispo de Quito Monseñor Carlos María de la Torre y la mayor parte de Obispos del Ecuador.
Debemos señalar que el Seminario Menor "San Pío X" se constituía en el primer seminario regentado por una Diócesis, porque en ese entonces los Seminarios del Ecuador eran regentados por la Congregación de la Misión de San Vicente de Paúl o de los Lazaristas.
Esta congregación dirigía el Seminario Mayor de Quito y los Seminarios Menores de Quito, Ibarra, Riobamba y Loja, únicos seminarios existentes en aquel tiempo. En el año 1963 Monseñor Vicente Cisneros fungiría como Rector, quien ocuparía dicho cargo hasta 1967 pasando luego a convertirse en el Segundo Obispo de la Diócesis de Ambato.
En 1967 asumiría el rectorado el padre Jesús Tamayo, quien contó con el apoyo de los sacerdotes Vascos de la Diócesis de Victoria, San Sebastián y Bilbao de España, y de algunos profesores seleccionados por su calidad cristiana y humana, a más de su calidad docente. Bajo el rectorado del padre Tamayo el Colegio "San Pío X", que hasta entonces mantenía sus puertas abiertas exclusivamente para jóvenes que tenían vocación sacerdotal, permite el ingreso a todos los jóvenes de Ambato, de la provincia y de todo el país que deseaban estudiar en las aulas de nuestra institución; corría para entonces el año lectivo 1970-1971.
Esto lo hace con la modalidad de internado y semi internado; así muchos jóvenes pudieron ingresar a formar parte de lo que hoy constituye la gran familia del "Pío X"., para aquel entonces la establecimiento contaba con aproximadamente 90 estudiantes.
En 1971 el Señor Obispo Monseñor Vicente Cisneros nombraría al padre Jesús Tamayo Vicario de los Indígenas y como rector al Padre Efraín Guevara, el mismo que pondría en alto el eslogan “Educar para la Vida” y sus alumnos jugarían un papel fundamental en el “II Sínodo Diocesano de la Provincia de Tungurahua” al participar en forma activa del mismo como “Grupo Diocesano de Juventud”. En 1975 asume el rectorado el Padre Diego Cobo Barona quien permanece en dicho cargo hasta 1985 en que es nombrado párroco de la Catedral.
Para 1985 asume el cargo de rector el Padre Pablo Orbea Quintana hasta Julio de 2004. Durante su rectorado en el año lectivo 1995-1996 se crea la Sección Básica (primaria
En julio de 2004 asume las funciones de rector, el Padre Doctor Rodrigo Altamirano Llerena, sacerdote diocesano quien se enfrasca en la ardua tarea de la transformación física de la institución.
